Un fuerte aguacero justo antes de comenzar la sesión de clasificación, para el Gran Premio de Malasia, dejó una parrilla de salida muy confusa para el domingo,  con la eliminación de los dos Ferrari y los dos McLaren en la Q1. Al final, fue el Red Bull de Mark Webber que logró la Pole Position, en cierto modo para enmendar su carrera cargada de incidentes en Australia,  por delante del Mercedes GP, de Nico Rosberg, y en tercer lugar Sebastian Vettel luego de que la Q3 se había retrasado a causa de fuertes lluvias.

Webber apostó por neumáticos intermedios Bridgestone y ha rodado en 1m 49.327s para lograr la posición más alta, con Rosberg, con neumáticos para lluvia con 1m 50.673s. Detrás el Red Bull, de Sebastian Vettel con neumáticos para lluvia logró 1m 50.789s , el cuarto lugar, con neumáticos para lluvia, Adrian Sutil con Force India 1m 50.914s.

Hubo grandes brechas entre los pilotos en los mismos equipos en la Q3, lo que sugiere que algunos equipos pueden haber optado por diferentes reglajes para cubrir sus apuestas contra las condiciones de mojado o seco para el domingo.

Era, como dijo Vettel, una sesión caótica, pero con pilotos rápidos al final de la parrilla, y la posibilidad de fuertes lluvias en algún momento del domingo, un emocionante Gran Premio se avecina.

La Clasificación quedó del a siguiente manera

1. Mark Webber
2. Nico Rosberg
3. Sebastian Vettel
4. Adrian Sutil
5. Nico Hulkenberg
6. Robert Kubica
7. Rubens Barrichello
8. Michael Schumacher
9. Kamui Kobayashi
10. Vitantonio Liuzzi
11. Vitaly Petrov
12. Pedro de la Rosa
13. Sebastien Buemi
14. Jaime Alguersuari
15. Heikki Kovalainen
16. Timo Glock
17. Jenson Button
18. Jarno Trulli
19. Fernando Alonso
20. Lewis Hamilton
21. Felipe Massa
22. Karun Chandhok
23. Bruno Senna
24. Lucas di Grassi